História sudoku je sama zložitá skladačka. Názov Sudoku pochádza z Japonska a skladá sa z japonských znakov Su ( znamená číslo) a Doku (znamená samotné), ale nevznikol v Japonsku. Sudoku má korene vo Švajčiarsku, v matematickom koncepte latinských štvorcov. Švajčiarsky matematik Leonhard Euler v roku 1780 rozvinul myšlienku usporiadania čísel takým spôsobom, aby sa každá číslica alebo symbol objavila v riadku či stĺpci iba jeden krát.
Latinské štvorce sa používajú pri štatistických analýzach. Pravidlá sudoku obsahujú aj obmedzenie, že v každom regióne sa môže číslo objaviť iba raz. Toto pravidlo pridal architekt z Indianapolis Howard Garns, keď vytvoril hádanku odvtedy uverejňovanú v časopise Dell, nazvanú Number Place, ktorú dnes poznáme ako sudoku.
Varianty sudoku:
– Variácie veľkosti mriežky – Najčastejšie používanou je mriežka 9×9 s 3×3 regiónmi, okrem toho bývajú aj mriežky 4×4 s 2×2 regiónmi. Mriežky 5×5 s pentomino regiónmi sú uverejňované pod názvom Logi-5. Na svetových hádankových súťažiach bývajú aj mriežky 6×6 s 2×3 regiónmi, alebo 7×7 s heptomino regiónmi. Takisto bývajú aj väčšie varianty sudoku, The Times ponúkajú mriežku 12×12, časopis Dell pravidelne uverejňuje sudoku s mriežkou 16×16 v ktorom sú čísla 1-16 alebo písmená. V roku 2010 bola uverejnená Sudoku-zilla s mriežkou 100×100.
– Abecedné sudoku – Táto varianta, nazývaná aj Wordoku, sa od číselnej obyčajne nelíši, niekedy však jej správnym vylúštením vznikajú slová ako v krížovke.
– Twin sudoku (dvojičkové sudoku) – Twin sudoku vzniká spojením dvoch mriežok, ktoré spolu zdieľajú región 3×3.
– Killer sudoku – kombinuje zložky sudoku a kakuro.
– Mini sudoku – Rieši sa mriežka 6×6 s 2×3 regiónmi, cieľ je rovnaký ako pri štandardnom sudoku, ale dopĺňajú sa iba čísla od 1 do 6, je určené pre mladých riešiteľov.
Od roku 2006 sú usporiadané aj Majstrovstvá sveta v sudoku, prvýkrát sa konali v Taliansku, potom v Českej republike, v Indii, na Slovensku. Viackrát sa konali v USA.